Università degli Studi di Bologna - Alma Mater Studiorum

Corso di Laurea in Biotecnologie

Pagina web per il corso di:

STRUTTURISTICA DEGLI ACIDI NUCLEICI

(Structural Chemistry of Nucleic Acids)

3 CFU

parte dell'insegnamento 42898 - STRUTTURA E METABOLISMO DEGLI ACIDI NUCLEICI (C.I.)

 

Docente: Giampaolo Zuccheri

Anno Accedemico: 2012-13

MATERIALI DEL CORSO

Argomento Diapositive o altri materiali del corso Spunti aggiuntivi o materiali integrativi
Presentazione del corso (9/4, 1 ora) le note mostrate in aula (pdf)  
Strutture di acidi nucleici (9/4, 1 ora; 16/4, 3 ore) diapositive mostrate in aula (pdf)

Le strutture secondarie canoniche del DNA (scarica i PDB di A-DNA , B-DNA e Z-DNA da aprire con RasMol, Chime, RasTop, o analoghi programmi di molecular modeling); Conformazioni e stabilità degli acidi nucleici; Strutture anomale degli acidi nucleici: la Holliday junction (PDB), la tripla elica (Hoogsteen), la G tetraplex (PDB); Variazioni moderne (o no) sul tema: PNA, LNA, TNA, basi XL di Kool.Struttura del DNA dipendente dalla sequenza; parametri geometrici delle coppie di basi; curvatura del DNA; flessibilità del DNA; interazione specifica del DNA con le superfici; flessibilità del DNA e comportamento sotto tensione; cenni sull'interazione DNA-proteine; Una serie di file in formato PDB con strutture di DNA (zip, 0.3 MB, le sequenze nel nome del file, DDD è il dodecamerto di Dickerson e Drew; i modelli si aprono con Rasmol o applicativi simili).

 

 

Le pubblicazioni scientifiche e la ricerca bibliografica (11/4, 2 ore) Note mostrate a lezione (pdf)

Alcuni database che potete impiegare per una ricerca bibliografica:

WebOfKnowledge (disponibile da PC della rete UniBO/proxy)

Scopus

Entrez (PubMed ed altro)

scirus

Google Scholar

Quì trovate le istruzioni su come impostare il PC o il browser per effettuare liberamente ricerche bibliografiche su database a pagamento anche da PC non direttamente collegati alla rete di Ateneo: link

Introduzione agli aptameri (18/4, 2 ore) diapositive (pdf)

wikipedia sugli aptameri (eng). La pagina web di una compagnia che produce aptameri, la NeoVentures, con interessante materiale didattico (link).

I file con le strutture di alcuni aptameri, legati con il loro target molecolare: l'aptamero per l'ATP, legato con l'AMP in questo modello (pdb); l'aptamero per la vitamina B12 (pdb)

Introduzione alla fisica statistica dei polimeri (la forma di una catena polimerica) (18/4, 1 ora; 23/4 1 ora)

diapositive (pdf)

una dispensa (pdf)

 
Tecniche di studio degli acidi nucleici (23/4, 1 ora; 24/4, 2 ore; 30/4 3 ore)

microscopia ottica (pdf) e tecniche avanzate di fluorescenza (pdf)

microscopia elettronica (pdf)

microscopia a sonda (pdf)

 
Approcci sperimentali per lo studio della curvatura e della flessibilità del DNA (2/5, 2 ore) diapositive (pdf)  
Nanostrutture autoassemblanti di DNA (75, 2 ore; 9/5, 1.5 ore) diapositive (pdf)  
Articoli di letteratura proposti per la presentazione (discussione durante le lezioni - 0.5 ore il 9/5) Ogni studente dovrebbe al più presto scegliere (e comunicare al docente) un articolo di letteratura scientifica di argomenti attinenti il corso per studiarlo, familiazrizzarsi con l'argomento e le tecniche sperimentali usate (anche grazie a ricerche sul web), contestualizzarlo, criticarlo, ..., presentarlo ai compagni di corso (ai quali si consiglia comunque di darvi un'occhiata prima della presentazione)

seminario di (previsto per il 16/05/2013)

argomenti disponibili per la scelta articolo
Libero Gurrieri Dekker, DNA attraverso nanopori pdf
Daniela Salvatore Bustamante, misura della torsione del DNA pdf
Margherita Messana Bustamante, Stiramento del DNA pdf
Chiara Carretti Ha, la dinamica della giunzione di Holliday pdf
- Rivetti, DNA su superfici, AFM e statistica dei polimeri pdf
Marta Palombo Nutiu, un metodo di selezione per aptameri pdf
Brian Leuzzi Neely, conta di singole molecole di micro RNA pdf
- Gietl, misure di fluorescenza di singole molecole su origami di DNA pdf
Giulia Amidei De Messieres, Spettroscopia di forze con AFM su G tetraplex pdf