Università degli Studi di Bologna - Alma Mater Studiorum
Corso di Laurea in Biotecnologie
Pagina web per il corso di:
3 CFU
Docente: Giampaolo Zuccheri
Anno Accedemico: 2012-13
MATERIALI DEL CORSO
Argomento | Diapositive o altri materiali del corso | Spunti aggiuntivi o materiali integrativi | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Presentazione del corso (9/4, 1 ora) | le note mostrate in aula (pdf) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strutture di acidi nucleici (9/4, 1 ora; 16/4, 3 ore) | diapositive mostrate in aula (pdf) | Le strutture secondarie canoniche del DNA (scarica i PDB di A-DNA , B-DNA e Z-DNA da aprire con RasMol, Chime, RasTop, o analoghi programmi di molecular modeling); Conformazioni e stabilità degli acidi nucleici; Strutture anomale degli acidi nucleici: la Holliday junction (PDB), la tripla elica (Hoogsteen), la G tetraplex (PDB); Variazioni moderne (o no) sul tema: PNA, LNA, TNA, basi XL di Kool.Struttura del DNA dipendente dalla sequenza; parametri geometrici delle coppie di basi; curvatura del DNA; flessibilità del DNA; interazione specifica del DNA con le superfici; flessibilità del DNA e comportamento sotto tensione; cenni sull'interazione DNA-proteine; Una serie di file in formato PDB con strutture di DNA (zip, 0.3 MB, le sequenze nel nome del file, DDD è il dodecamerto di Dickerson e Drew; i modelli si aprono con Rasmol o applicativi simili).
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Le pubblicazioni scientifiche e la ricerca bibliografica (11/4, 2 ore) | Note mostrate a lezione (pdf) | Alcuni database che potete impiegare per una ricerca bibliografica: WebOfKnowledge (disponibile da PC della rete UniBO/proxy) Entrez (PubMed ed altro) Quì trovate le istruzioni su come impostare il PC o il browser per effettuare liberamente ricerche bibliografiche su database a pagamento anche da PC non direttamente collegati alla rete di Ateneo: link |
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Introduzione agli aptameri (18/4, 2 ore) | diapositive (pdf) | wikipedia sugli aptameri (eng). La pagina web di una compagnia che produce aptameri, la NeoVentures, con interessante materiale didattico (link). I file con le strutture di alcuni aptameri, legati con il loro target molecolare: l'aptamero per l'ATP, legato con l'AMP in questo modello (pdb); l'aptamero per la vitamina B12 (pdb) |
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Introduzione alla fisica statistica dei polimeri (la forma di una catena polimerica) (18/4, 1 ora; 23/4 1 ora) | diapositive (pdf) una dispensa (pdf) |
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Tecniche di studio degli acidi nucleici (23/4, 1 ora; 24/4, 2 ore; 30/4 3 ore) | microscopia ottica (pdf) e tecniche avanzate di fluorescenza (pdf) microscopia elettronica (pdf) microscopia a sonda (pdf) |
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Approcci sperimentali per lo studio della curvatura e della flessibilità del DNA (2/5, 2 ore) | diapositive (pdf) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nanostrutture autoassemblanti di DNA (75, 2 ore; 9/5, 1.5 ore) | diapositive (pdf) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Articoli di letteratura proposti per la presentazione (discussione durante le lezioni - 0.5 ore il 9/5) | Ogni studente dovrebbe al più presto scegliere () un articolo di letteratura scientifica di argomenti attinenti il corso per studiarlo, familiazrizzarsi con l'argomento e le tecniche sperimentali usate (anche grazie a ricerche sul web), contestualizzarlo, criticarlo, ..., presentarlo ai compagni di corso (ai quali si consiglia comunque di darvi un'occhiata prima della presentazione) |
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