Molecular graphics: il software per la visualizzazione e lo studio della struttura delle molecole

(guarda anche la sezione Wikipedia, per altre informazioni su questo argomento)

... potreste averli 'incontrati' anche durante i vostri corsi precedenti di chimica, sono alcuni software che permettono di visualizzare i modelli delle molecole sullo schermo del vostro PC.

Ce ne sono tantissimi in circolazione, alcuni a pagamento, molti gratuiti, disponibili per ogni piattaforma di PC (Windows, Linux, Mac). In questa pagina ve ne indico alcuni: a voi la scelta di quale usare, o la possibilità di cercarne altri. Ricordate che è importante che il software che scegliete sia capace di interpretare i file in formato PDB (protein data bank), quello più storico e diffuso per i modelli delle molecole biologiche.

Rasmol

E' forse il programma più 'storico' tra quelli ancora disponibili per visualizzare le molecole. Molto leggero per i PC attuali, consente di fare tutte le operazioni di visualizzazione che possono esservi utili. Ha una interfaccia grafica un po' spartana, ma una finestra per comandi testuali che permette di effettuare operazioni anche molto complesse (imparando i comandi di scripting). Potete trovare informazioni e scaricare questo programma (per PC e unix) a questo indirizzo, oppure da quì (versione 2.7 per windows).

Rastop è una evoluzione più user-friendly (con GUI) di rasmol.

Chime

Si tratta di un plug-in per web browser che permette di visualizzare direttamente le molecole nella finestra del browser. Questo rende lo studio delle molecole molto semplice, in modo che non è necessario salvare il file PDB sul disco rigido, ma si può visualizzare il modello direttamente dalla pagina web in cui è pubblicato il file. Ha tutte le potenzialità di rasmol, ma un menu grafico più ricco e moderno (accessibile con il tasto destro del mouse) e la possibilità di inserire script direttamente nella pagina web, per aumentare l'interattività. Funziona sia su IExplorer che su Firefox. Trovate informazioni su chime su questo sito. Per ottenerlo, dovreste fare l'iscrizione gratuita su questo sito, oppure ...

Jmol

Jmol è la versione più moderna di chime (il cui sviluppo è finito, credo). Si tratta di un programma Java per la visualizzazione delle molecole. Per questo è indipendente dalla piattaforma, e vi permette di visualizzare le molecole direttamente dal browser web, o da una 'virtual machine.' Consente visualizzazioni di grande qualità. Anche questo programma può permettere di formulare script per ottenere interattività ed animazioni.

Pymol

Per gli utenti di Python, Pymol è la suite di molecular graphics (e modeling) di Python. Funziona anche se non conoscedte Python, ma dovete averlo installato sul PC.

Biodesigner (per PC) e iMol (per MacOsX)

Sono software interessanti per visualizzare le molecole, soprattutto per la grande qualità estetica. Li trovate su questo sito.

Chemsketch

Questo è un bel software gratuito per disegnare le molecole, che ha anche una interfaccia semplice per la loro visualizzazione tridimensionale. Lo potete conoscere su questo sito.

... e tanti altri, tra cui MolMol, etc.(ce ne sono anche di commerciali)

Gli utenti Linux possono trovare informazioni riguardanti la loro piattaforma su questo sito.

Per chi 'non vuole preoccuparsi di niente', bioknoppix è un sistema operativo linux caricabile da CD 'live' che contiene già software di visualizzaizone molecolare, e tanto altro.